朱载坖这么做的主要目的削弱巡抚、总督的军权，加强朝廷对于边镇军队的控制能力。
按照朱载坖准备在宣大山西实行的新军制，巡抚直接领导都指挥使，是守土有责的封疆大吏，巡抚的主要职责是守卫疆土、平息叛乱，领导布政使司、按察使司和都指挥使司推行朝廷政策，安靖地方，而总督的职责是御敌于国门之外，总督和提督的职能在这次改革中获得了明确的划分。
总督作为朝廷派出的钦差，主要的任务就是监督提督、总兵和都指挥使等各级军官，核实军籍，清查军储，监督提督、总兵等各级军官按照朝廷的指令用兵，同时负责后勤保障，转运粮秣等事情，在战时负责整肃军纪、核实军功等事情，同时对于边镇大规模的军事行动，总督有独立建议权，可以通过密疏直接向皇帝建议。
同时对于和战问题还有边镇临时出现的来不及请示的战事，总督有专断之权，提督必须接受总督的方略，但是提督才是本辖区最高军事长官，独立行使指挥权，总督只能参劾但是不能越过提督指挥总兵，临敌应变是提督、总兵的权柄，与巡抚、总督无涉，同时提督还有直接向皇帝上密疏的权力，提督、总兵主要是接受练兵军务处的指挥而非是总督和巡抚的指挥。
这点是朱载坖早就要做的，也就是朱载坖一直提的重将权，将行政权力和军事权力分开，巡抚负有守土之责，而总督更多的是对地方行政的监督，同时保障大军后勤，监督大军行动，作为朝廷的钦差，核实军籍、军功，与提督一道制定作战方略。
而提督则是作为朝廷派驻一个地域的军事长官，领带下辖的所有总兵和都指挥使，对于辖区的安全负有责任，朱载坖给总兵、提督的责任是详查敌情，先敌而动，御敌于国门之外，歼敌于旷野之间。同时明确各级军官的任免权限，一棚的小旗官由游击将军负责任命，报兵部备案即可，一排总旗官由游击将军报参将批准之后，向兵部报备即可。
而一队的百户官，则要由参将上报副将，经总兵官审核之后，由总督和提督向兵部报备，一营的千户，则由总兵官提请提督、总督审核之后，报兵部批准，而千户以上军官，由提督、总督向兵部提交名单，由兵部向练兵军务处提报，经朱载坖御批之后，方可任命，对于军官的任免权，要牢牢的控制在朝廷手中，决不能假手他人，杜绝藩镇之弊。
朱载坖命令练兵军务处将这个山西三镇整军方略以密旨的形式下达给山西三镇的总督、巡抚总兵和提督，听取他们的意见，他们认为骑兵还是也要以协为单位，一标骑兵还是太少了，同时他们的认为将大量的边堡士卒划给了都指挥使司之后，都指挥使司和巡抚也要组建自己的机兵，用以边堡之间的互相呼应和镇压盗贼和各种反叛活动。
总之，要是实行新军制之后，三镇官军主要就是野战官军，而地方都指挥使司则是负责边堡的防御和内卫事宜，和地方的关系更加紧密，直接受总督、巡抚的指挥和五军都督府的管理，而三镇官军则是更多的野战和出塞迎敌。
按照山西官员们的建议，朱载坖再次和练兵军务处的参赞军务大臣还有部院大臣商量了之后，认为确实应该增加各都司的机兵，以应对地方可能出现的各种的情况，因为在实行新军制之后，三镇官军是基本不会参与地方事务，直接接受朝廷指挥了，所以在朱载坖和练兵军务处的参赞军务大臣们商量之后，决定以山西都司、山西行都司、万全都司所辖的三十余卫，除了在边堡之外，还要整编出四协机兵。
一协驻太原，兼巡抚标营，负责协防太原，弹压山西全境，一协驻老营堡，负责支援从河曲到磨儿山的边堡，一协驻阳和，负责从威远卫到镇虏卫的边堡，一协驻宣府镇，负责从怀安卫到万全右卫的边堡，同时编练精骑一协，驻太原，有巡抚直接掌握。
这样一来，驻防沿边堡垒和各都司的机兵一共是十万七千余人，他们主要负责守卫边堡，弹压叛乱。
而三镇官军则是统一整编为十五个步骑炮协和五个骑兵协，一共十一万二千五百人，再加上专门给这三镇大军增加的辎重营等，总计人数为十二万七千五百人，其中精骑二万五千余，计划装备火炮一千余门，隆庆十年式燧发火铳六万余支。
整编之后的宣大山西三镇官军加上三都司官军，一共是二十三万四千五百人，比之原本的宣大山西三镇，还是瘦身了不少，根据之前的清查，山西镇实有军士五万五千二百九十五人，宣府镇是十五万一千四百五十二人，大同镇是十三万五千七百七十八人。
根据这个新的编制计划，可以裁减军额十万八千二十五人，瘦身的比例不可谓不低啊，朱载坖这样做，就是将官军的空饷和水分给挤出来，同时裁汰一些老弱病残的士卒，而这些被裁汰的士卒，也要安置在山西的各衙门和巡检司中，加强朝廷对于地方恶控制。
根据马芳等人的回报，三镇官军中的空饷仍旧存在，大概在一到两成成左右，朱载坖这次就是要将这协空饷的水分妃挤出来，朱载坖派遣清军御史、卫尉寺评事，在钦差的监督下，测试士卒，要达到朝廷设置的标准才能留下在三镇官军中。
因为减少了军额，朱载坖还要在山西诸镇实行新的军饷制度，简而言之就是加工资，将原本大明一直实行的月粮行粮制度改为军饷加实物供给制度。
大明原本都是实行的月粮和行粮制度，平时月粮，战时支给行粮，主要是实物军饷，这对于朝廷和士卒来说，都是很不方便的，朝廷苦于转运，士卒苦于克扣，都很痛苦。